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容器の下部には、複数(4〜6個)の筒状の蒸発容器を置き、蒸発軸方向に基板(ホルダー)を置きます。
基板ホルダーは真空雰囲気を汚染しないよう加熱ヒータで周囲を囲んでいます。
超高真空になったら、各蒸発源を加熱し、各ソースの必要な量の蒸発原子を基板に蒸着します。
この過程は全てコンピュータ自動制御又は手動にて膜厚制御を行っています。
分子線エピタキシーはGaAsなどのV-X族半導体の膜を結晶成長させるために用いられてきました。
制御された方向の揃った分子線で膜を形成するため膜の組成を原子レベルで制御でき、且つ極めて高純度な膜を形成できます。
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